La première mention écrite de Saint-Georges sous la forme latine "Sancto Georgio" se manifeste dans un acte du seigneur Miles de Noyers daté de 1213 relative aux droits dus sur les bois de Montboulon. Avant cette date Saint-Georges s'appelait Bercuy (Bercuiacus). Ce nom apparaît pour la première fois dans une charte testamentaire de l'évêque d'Auxerre Saint-Vigile datée des années 680.

La seigneurie de Saint-Georges passe des mains des sieurs de Noyers à celles du chevalier Jean des Barres pour ensuite être achetée pour moitié en 1238 par l'abbaye Saint-Germain d'Auxerre. L'autre moitié dépend des comtes d'Auxerre puis à partir de 1370 du roi de France. A la fin du 16^ème Siècle, Henri IV engage sa seigneurie auprès de Claude Charles, contrôleur du grenier à sel d'Auxerre. Saint-Georges appartient ensuite à la famille Fernier héritière de Claude Charles, puis de la famille Marie pour changer enfin plusieurs fois de mains jusqu'à la Révolution.

Saint-Georges devient alors chef-lieu du canton de Baulche pour une dizaine d'années - de janvier 1790 à février 1800. La commune suit ensuite l'histoire de l'Auxerrois et celle de la France : l'invasion des troupes coalisées en 1814, les Prussiens en 1870, la Grande Guerre, l'occupation en 1940... Enfin dans les années 1960, le nouvel essor démographique fait de Saint-Georges une petite ville pavillonnaire qui ne manque pas de charme.